MODx 0.9.2までは、フレンドリーURL改良で書いたような変更を施せば、エイリアスパス(ドキュメントの階層構造をURLに含める)がOFFの状態でもエイリアスパス様のURLを生成できました。
0.9.5からはcleanDocumentIdentifierという関数が変更され、エイリアスパスOFF状態では上記エイリアスパス様のURLは受け付けなくなくなりましたが、以下のパッチを当てることで再び使用できるようになります。

--- manager/includes/document.parser.class.inc.php    Tue Nov 21 02:38:04 2006
+++ manager/includes/document.parser.class.inc.php    Tue Dec 19 19:03:19 2006
@@ -336,6 +336,7 @@
             $q= basename($q);
         } else {
             $this->virtualDir= '';
+            $q= basename($q); // mod for alias path like access without alias path option
         }
         $q= str_replace($this->config['friendly_url_prefix'], "", $q);
         $q= str_replace($this->config['friendly_url_suffix'], "", $q);
@@ -845,8 +846,22 @@
     }
 
     function makeFriendlyURL($pre, $suff, $alias) {
-        $dir= dirname($alias);
-        return ($dir != '.' ? "$dir/" : "") . $pre . basename($alias) . $suff;
+        /* Mod for
+         * write folder documents as /category/ instead of /category.html
+         * 20060706 by uglydog(http://nanabit.net/)
+         */
+        $tbl = $this->getFullTableName("site_content");
+        $sql = "SELECT isfolder FROM $tbl WHERE alias='".mysql_escape_string(basename($alias))."' LIMIT 1;";
+        $result = $this->dbQuery($sql);
+        $tmp = $this->fetchRow($result);
+        if($tmp && $tmp['isfolder'])
+          $suff = '/';
+        $dir = dirname($alias);
+        if ($alias=='index'||$alias=='index'.$suff) {
+          $alias = '';
+          $suff = '';
+        }
+        return ($dir!='.' ? "/$dir/":"/").$pre.basename($alias).$suff;
     }

なお、下半分は今までのものとほぼ同じですが、サイトトップ(エイリアスindexを想定)の場合はさらに/だけに置換します。

20061220追記:

indexの置換が上手くいかず、".html"になることがあったので修正しました。

20070314追記:

Wayfinder(1.0.1)ではこの変更が効きません。

--- assets/snippets/wayfinder/wayfinder.inc.php    Tue Mar 13 23:49:05 2007
+++ assets/snippets/wayfinder/wayfinder.inc.php    Tue Dec 19 19:01:07 2006
@@ -141,7 +141,10 @@
                         $v['link'] = $v['content'];
                     }
                 } else {
-                    $v['link'] = $modx->makeUrl($v['id']);
+                    if (!empty($v['alias']))
+                      $v['link'] = $modx->makeFriendlyURL($this->config['friendly_url_prefix'], $this->config['friendly_url_suffix'], $v['alias']);
+                    else
+                        $v['link'] = $modx->makeUrl($v['id']);
                 }
                 $v['level'] = $curLevel;
                 $v['first'] = $firstItem;

このパッチを当てることで同様の動作をするようになります。