手許のHHKB Professional用に、英語キーボードの配列をQWERTYからDvorakに変更するスクリプトを書いてみました。Ctrl修飾は文字よりも位置が重要であることが多いので、透過します。(例えばCtrl+XCVがCtrl+QJKに変換されません)

ダウンロード: dvorak_100.zip(v1.00 .ahkファイルと.exeのセット )
詳細: AutoHotKey @ 7bit

emacs等のキーバインドはQWERTYとはまた別に体が覚えていて、そこまでDvorakで塗り替えるのは大変だと思いますが、Ctrl透過ならその辺切り離して覚えられるので良いかもしれません。(viはノーマルモードで不都合ですが)
まあまだ自分が練習中なので分からないですけど。