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DICOMから映像を抜き出し汎用の動画フォーマットに変換する

PyDICOM Extractorとは

医療用デジタル画像と通信規格、DICOM(参考:DICOMとは?)の画像(映像)部分を汎用的な動画ファイル(現状mpeg1の.mpgのみ)として抜き出すPythonスクリプトです。

動作環境

.py版は以下の環境で動作します。

• Python 2.4
• PyMedia 1.3.72 py2.4
• PyGame 1.7.1 py2.4
• DCMTK 3.5.4 win32 (dcmj2pnm.exeのみ使用)
• Windows 2000, Windows XP

Windows exe版

• Windows 2000, Windows XP
• DCMTK 3.5.4 win32 (dcmj2pnm.exeのみ使用)

上記の環境で動作しない場合や、その他の環境で動作した場合はご連絡頂けると助かります。

使用方法

1. PyDICOM Extractorをダウンロード(win exe版であればさらに展開)
2. DCMTKからdcmtk-3.5.4-win32-i386.zipをダウンロード
3. dcmtk-3.5.4-win32-i386.zipを展開して./bin/dcmj2pnm.exeをPyDICOM Extractorのディレクトリにコピー
4. 準備は完了です。コマンドラインオプションを指定して実行します。exe版なら対象DICOMファイルをドラッグ&ドロップすることで簡単に変換することも出来ます。

コマンドラインオプション一覧

-f, --from

切り取り開始フレーム番号(端を含む) [省略時 1]

-t --to

切り取り終了フレーム番号(端を含む。-1で最後まで) [省略時 -1]

-c, --codec

コーデック [省略時 mpeg1video]

-F, --framerate

フレームレート(/ms) [省略時1400]

-b, --bitrate

ビットレート(/s) [省略時2700000]

-E, --image-ext

静止画像保存のファイル形式(png|jpg) [省略時 png]

-i, --image

映像ではなく画像を保存(-Eでpng/jpgを指定)

-s, --save-tmpt

テンポラリディレクトリを削除しない [OFF]

ライセンス・不具合修正について

PyDICOM Extractorは無料で使用でき、ソースコード公開のソフトウェアです。但しPyDICOM Extractor本体以外のライブラリはそれぞれのライセンスに従います。特にWindows exe版は全てのライブラリを含んでいるので、再配布には注意が必要です。

不具合の修正は作者の義務ではありませんが、基本的には対応します。

使用上の注意;医療現場での使用について

本ソフトウェアは医療研究・応用への供用を目的としていますが、医療現場での利用は想定していません。本ソフトウェアを元に医療上の判断や決定をなす際は、必ず他の方法を併用し、本ソフトウェアによる情報を最終決定の材料としないよう注意してください。医療現場での使用により、何らかの事故や障害等が発生した場合でも、本ソフトウェア作者はその責を負いません。

既知の不具合・仕様

• mpeg1video以外のコーデックが使用できない
• DICOMのフレームレートを見ていない
• スクリプトやDICOMファイルのパスに空白が含まれると動作しない

ダウンロード

• PyDICOM Extractor 0.1.2 ソース [txt 8.74KB]
• PyDICOM Extractor 0.1.2 Windows exe版 [zip 3.39MB]
• PyDICOM Extractor 0.1.1 ソース [txt 8.74KB]
• PyDICOM Extractor 0.1.1 Windows exe版 [zip 3.39MB]
• PyDICOM Extractor 0.1.0 ソース [txt 8.52KB]
• PyDICOM Extractor 0.1.0 Windows exe版 [zip 3.39MB]

アップデート履歴

20060902 v0.1.2

画像を連番出力

20060902 v0.1.1

dcmj2pnm.exeのパス取得を厳密に(D&D対応)

20060831 v0.1.0

コマンドラインオプションの整備、高速展開

20060831 v0.0.0

製作着手